El presbiterio es un ábside ochavado que está cubierto por una bóveda estrellada. En los muros se abren óculos con tracería de piedra y vidrieras. Aquí aparece la firma de Juan de la Hermosa, es la única inscripción en todo el edificio que hace referencia a los autores.

La nave central se cubre con bóvedas estrelladas y arcos de medio punto sobre columnas con capiteles, que cambian de decoración, correspondientes a tres fases de construcción: “en un primer momento la cabecera y los dos tramos inmediatos a ella; el tramo intermedio, donde está la puerta, sería algo posterior; y en una tercera etapa, tal vez hacia los años cuarenta o cincuenta, podrían situarse las unidades de los pies” (Gutiérrez-Cortines, 1987). Las naves laterales se cubren con bóvedas de crucería simple. También destaca el pavimento, que podría ser el original del siglo XVI.

El coro está cerrado por una reja y elevado 40 cm. por encima del resto de la nave central. La ventana del fondo fue la tercera puerta de la iglesia.

La sacristía tiene bóveda de cañón. De esta parte, en la fachada de la plaza, destaca la doble ventana con arcos de medio punto, que se significa por la elaborada decoración, con imposta, pilastras y cornisamento.

 Capilla de Jesús Nazareno, cubierta por una sencilla bóveda de arista. Es la base de la torre del campanario, que consta de cuatro cuerpos. El cuerpo de las campanas tiene arcos de medio punto entre pilastras jónicas estriadas. El cuerpo superior, más moderno, consiste en un tambor octogonal con arcos apuntados y rematado con cúpula de tejas vidriadas en color azul.

Capilla de La Antigua y del Corazón de Jesús, con bóveda elíptica cubierta de casetones de flores y bustos masculinos. En los medallones de las pechinas están representados los cuatro evangelistas. El arco rebajado está decorado con casetones y apoya sobre columnas estriadas de capitel compuesto. Su primera advocación tiene origen en Sevilla donde su promotor, el hellinero Estebán Pérez Osorio, fue Cónsul de la Universidad. Quien encargo un retablo terminado en 1579.

Capilla de La Purísima con bóveda estriada y arco de medio punto de rosca y columnas torsas.

La portada del acceso desde la plaza se incluye en la escuela vandelviresca, finales del siglo XVI y comienzos del XVII. Está formada por dos cuerpos, cada uno consta de dos pares de columnas de orden corintio, entre las que hay hornacinas para esculturas, repuestas recientemente, son imágenes de los evangelistas, San Pedro y el rey David. En el centro del cuerpo superior hay un relieve que representa La Anunciación del Ángel Gabriel a María. En todo el trabajo de cantería se empleo la piedra biocalcarenita, que es la más común en los edificios singulares de esta comarca. La escalinata semicircular es de la última década del siglo XIX.

Capilla de San Antonio de Padua, bóveda de medio cañón con casetones de flores y veneras, medallones sobre el arco y pilastras jónicas. Tiene una cripta funeraria a la que se accede por la entrada de la iglesia. En ella estuvo el sepulcro del ilustre político hellinero Melchor de Macanaz (1670-1760).

Lápida que ha sido relacionada con el Obispado de Ello, siglo VII, por lo que debió ser hallada en El Tolmo de Minateda.

Capilla de San Ildefonso y retablo del Cristo de los Excautivos, con bóveda de medio cañón y linterna avenerada ciega, dos hornacinas también con forma de venera y arco decorado con casetones lisos.

Capilla de Bautismo, situada a los pies del templo. La tradición exigía estar bautizado para poder asistir a la iglesia.

La entrada desde la calle Salvador se hace a nivel de la misma, a diferencia de la entrada por la plaza, ya que el templo se adaptó a la pendiente del cerro del Castillo, justificándose así que la cabecera esté orientada hacia el norte.

El arco de la calle Salvador fue necesario para desplazar el contrafuerte y ampliar el ancho libre de la calle.

Capilla de San José con bóveda de medio cañón.

Capilla de La Dolorosa. Destaca su original cúpula de forma elíptica con dos veneras enfrentadas. El arco es rebajado y se apoya en columnas jónicas.

Capilla de las Ánimas con bóveda estrellada. En el pavimento bajo el umbral hay lápidas de sepulturas.

Capilla de Nuestra Señora de la Soledad o del Calvario. La cubierta es una cúpula elíptica con linterna perforada. La decoración incluye símbolos de la Pasión de Cristo.